[카테고리:] Trials – code, analysis

[Deep Learning] [Pytorch] ValueError: Expected more than 1 value per channel when training, got input size torch.Size([1, 512, 1, 1]) – model.eval()로 해결 ! (tistory.com) 이걸 좀 오래 잡고 있었는데, model.eval() 을 통해서 해결하면 된다고 한다…

WSL에서 네트워크 드라이브를 마운트하는 경우.  문제의 시작 서버에 피치 못한 사정으로 IDE를 올려서 사용하지 못하는 경우, 좋은 대안이 있다. 로컬에 Jupyter, vscode 등의 IDE 를 설치한 후 네트워크 드라이브를 마운트해서 쓰는 것 인데,  WSL 기준으로 마운트 위치인 /mnt/ 에 마운트하면 기존의 서버의 경로와 달라, 서버에서 돌릴 때와 로컬에서 돌릴 때 매번 수정이 필요하다. 해결 방법…

나는 윈도우 세팅에서 작업을 할 때, WSL 과 jupyter lab 에서 matplotlib, seaborn 을 가지고 주로 시각화를 진행한다. Matplotlib 에서 폰트를 사용하려면 WSL(Ubuntu) 에 깔려 있어야 하는데,  먼저 대표적인 한글 폰트인 “나눔고딕” 을 설치하는 방법과 우분투에 폰트를 업데이트하는 법을 소개한다. 세팅이 끝났으면 본격적으로 그림을 그려보자. 이전 게시물에서도 사용했듯, 나는 sns.set() 을 사용하여 전체적인 도표의 스타일을…

PBS (Profile Batch System) 기본적으로 command line 기반으로 동작 Batch job 을 기본적으로 사용함. 기본적인 qstat 사용방법 Chunk 192 코어짜리 job 을 던지고 싶은데, 128코어 CPU 에는 들어가지 않으므로… 이렇게 해야 한다는 것. Slice 나는 것 때문에 chunk 라는 개념이 있음. Place place 조건을 사용하지 않으면 한 군데로 모두 들어감 ( node ) place = free ( default,…

현재 사용중인 서버는 CUDA 11.4 버전이다. root 가 나한테 없어서, 드라이버를 바꾸긴 어렵다. 근데 Cell2Location 은 Pytorch 2.x 로 되어있고, CUDA 12 로 맞게 만들어져 있어서 cell2location 기본 설치로 하면 RuntimeError가 뜨면서 학습이 안된다. 이럴 경우 어떻게 해결하는가 우선 CUDA 를 해결해주기 전에, scvi 쪽에서 문제가 생긴다. 이 부분은 특정 패키지들을 다운그레이드해주면 해결되는 부분. Issue…

Specifying Input FASTQ Files for 10x Pipelines -Software -Spatial Gene Expression -Official 10x Genomics Support ENA Browser (ebi.ac.uk)

Integrated assay vs RNA assay · Issue #1717 · satijalab/seurat · GitHub Integrated assay는 샘플 간 concordance 에서 사용하는 assay 고, expression 을 볼 때는 RNA/Spatial assay 를 사용해야 한다고 한다.